為了貫徹《中華人民共和國水污染防治法》，從流域、區域范圍內協調水資源的開發利用，依法和科學地管理水環境、控制水污染、保護水資源，促進社會經濟可持續發展，按照《地表水環境質量標準（GB3838-2002）》，在全省范圍內對主要江河、湖庫劃分地表水環境功能區。
對以下地表水體劃分環境功能區：全省所有流域面積大于100平方公里的河流以及小于100平方公里的重要河流；所有中型以上水庫、重要的小型水庫以及主要城市湖泊。
地表水環境功能區劃分的基本原則是確保社會經濟可持續發展戰略的實施。
劃分水環境功能區的具體原則是：
1.考慮水體現狀、規劃的使用功能和水環境質量的現狀；
2.優先保護集中式飲用水源地；
3.適應流域內經濟和城鎮發展規劃的要求；
4.水體環境功能區的劃定，一般不低于水體現有的水質等級；
5.兼顧上、下游地區利益；
6.水體環境功能區劃分的下端約束條件與《廣東省近岸海域環境功能區劃》（粵府辦〔1999〕68號）相銜接；
7.保證按省政府的要求跨行政區邊界水質達標交接；
8.水庫的水環境質量一般要求達到地面水環境質量標準Ⅱ類，特殊情況不低于Ⅲ類；
9.城市河段內河涌一般要求不低于Ⅴ類；
環境保護部門依據《地表水環境質量標準（GB3838-2002）》，實施水域分類管理。結合水域使用功能要求，地表水環境功能區分為五類：Ⅰ類水環境質量功能區，主要適用于源頭水、國家自然保護區；Ⅱ類水環境質量功能區，主要適用于集中式生活飲用水地表水源地一級保護區、珍稀水生生物棲息地、魚蝦產卵場、仔稚幼魚的索餌場等；Ⅲ類水環境質量功能區，主要適用于集中式生活飲用水地表水源地二級保護區、魚蝦類越冬場、洄游通道、水產養殖區等漁業水域及游泳區；Ⅳ類水環境質量功能區，主要適用于一般工業用水區及人體非直接接觸的娛樂用水區；Ⅴ類水環境質量功能區，主要適用于農業用水區及一般景觀要求水域。
當同一水體具有多種使用功能時，按照最高功能確定水質目標。
水環境功能區劃成果見“廣東省地表水環境功能區劃表”。
各地表水環境功能區按照水質目標，對照《地表水環境質量標準（GB3838-2002）》的相應類別標準，進行單因子評價，衡量是否達標，各水體未列出的上游及支流的水體環境質量控制目標以保證主流的環境質量控制目標為最低要求，原則上與匯入干流的功能目標要求不能相差超過一個級別。
允許各功能區的連接水域和點源排污口附近存在混合區。其范圍不作具體劃分，各地級以上市（以下簡稱各市）可根據需要進行劃定，經過論證后報省環保部門確認。
各市可以依據國家及省的有關規定，制定本行政區域內更具體的環境功能區劃，經省環保部門組織有關部門審查后頒布實施。
目前水質現狀低于水質要求的河段，各市要依據國家和省的有關規定，確定水體達標的具體時間和分年度實施方案，報省環保部門備案。
飲用水源地各級保護區的劃定由省人民政府另行頒布。
“廣東省地表水環境功能區劃表”中，“功能現狀”是目前對水體的實際使用情況，不代表對水體使用功能的劃定，水體使用功能的劃定仍須按程序批準。
廣東省地表水環境功能區劃由省環境保護廳負責解釋。
